Unikátní součástí MFF Ekotopfilm je Junior Festival. Filmový festival pro děti a mládež se poutavou a nenásilnou formou zaměřuje na vzdělávání a výchovu dětí ZŠ a SŠ v oblasti udržitelného rozvoje.

Ekotopfilm Junior Festival svým způsobem kopíruje hlavní festivalové dění. Filmový program, který má svou Junior porotu udělující jednu z cen festivalu, je rozdělen podle témat a věku publika do jednotlivých bloků. Kromě filmové části má Junior Festival také svůj vlastní doprovodný program, který vzdělává děti a mládež v konkrétních tématech. Jedná se tak o interaktivní výchovu mladé generace v oblasti udržitelného rozvoje.

Školám, které se z kapacitních důvodů na festival nedostanou, poskytneme po ukončení festivalu filmy spolu s doprovodným materiálem k dalšímu použití.